La decisión de iniciar un tratamiento farmacológico debe ir condicionada por el paciente: su edad, sus enfermedades concomitantes, los riesgos/beneficios de tratarlo o no hacerlo y del tipo de epilepsia que presente, por ello no se pueden dar pautas generales fijas.

En general no necesitan recibir tratamiento indefinido con FAE las convulsiones febriles, que no constituyen una verdadera epilepsia y que a veces solo precisan de la administración puntual de algún FAE (fenobarbital) y tampoco se hace con las epilepsias focales benignas de la infancia, como son la epilepsia rolándico-silviana y la epilepsia occipital benigna. Aún así, en algunos de estos casos, si las crisis son muy frecuentes o supone un acontecimiento muy traumático para el niño o la familia se valora la posibilidad de tratarlas durante un tiempo.

Existen algunas epilepsias, sobre todo aquellas que son manifestación de otro proceso: un tumor, enfermedades autoinmunes.. etc en las que hay otras opciones terapéuticas, con intención curativa, preferibles a los FAE.